Gejala klinis yang muncul dapat bervariasi tergantung pada patogen yang menginfeksi.
Pneumonia Mikoplasma (Enzootik)
Batuk kering biasanya merupakan awal gejala klinis pada pneumonia mikoplasma (enzootik) yang disebabkan oleh M. hyopneumoniae. Tidak semua babi di kandang yang sama akan mengalami batuk, namun babi pada kandang didekatnya yang mungkin akan terlihat batuk. Babi yang mulai terinfeksi akan makan lebih sedikit yang mengakibatkan konsumsi pakan turun. Penyakit ini kadang sulit dideteksi karena tidak semua babi menunjukkan gejala sekaligus. Variasi ukuran pada babi di usia yang sama akan lebih banyak karena efisiensi pakan yang buruk dan terganggunya pertumbuhan pada babi di kelompok usia tersebut.
Actinobacillus pleuropneumoniae (APP)
APP adalah penyakit pernapasan yang parah dan menular dengan bentuk klinis perakut, akut, subakut atau kronis. Bentuk perakut menyebabkan babi mati tiba-tiba. Babi akan mengalami demam tinggi hingga 41,6 °C dan jika ada, sedikit gejala pernapasan. Saat akan mati, babi mungkin mengalami kesulitan bernapas yang parah, yang ditandai dengan bernafas dengan mulut terbuka dan keluarnya cairan berbusa bercampur darah dari hidung dan mulut. Kulit di hidung, telinga, kaki dan mungkin seluruh tubuh tampak berwarna biru karena kekurangan oksigen dalam darah.
Dalam bentuk akut, babi umumnya mengalami depresi. Mereka menolak untuk makan dan mengalami masalah pernapasan yang berat, batuk dan terkadang bernapas dengan mulut terbuka. Gagal jantung dan gangguan peredaran darah juga dapat terjadi.
Pada bentuk subakut dan kronis, demam tidak muncul ataupun jika ada, maka demam tidak begitu tinggi. Intensitas serta spontanitas batuk dapat berubah-ubah, nafsu makan cenderung menurun, dan babi yang bertahan hidup memiliki pertumbuhan yang buruk.
Bordetella bronchiseptica dan Pasteurella multocida
B. bronchiseptica dan P. multocida biasanya bertindak sebagai agen sekunder pada penyakit pernapasan babi. Sistem kekebalan terganggu oleh agen utama, misalnya M. hyopneumoniae, yang merusak paru-paru sehingga tercipta kondisi yang sesuai untuk bakteri sekunder masuk dan dan menyebabkan pneumonia yang parah. Tanda-tanda klinis yang ditimbulkan adalah gejala klinis yang biasanya disebabkan oleh agen utama, namun disertai dengan batuk kronis, sesak napas, penurunan laju pertumbuhan dan turunnya konversi pakan.
Sindrom Reproduksi dan Pernafasan Babi (PRRS)
Virus PRRS menyerang makrofag di paru-paru, membuat paru-paru sangat rentan terhadap virus dan bakteri patogen umum. Virus ini menyebar melalui cairan hidung, air liur, feses, urin, semen, perpindahan babi pembawa/carrier, penularan melalui udara (hingga 2 mil) dan sepatu serta pakaian yang terkontaminasi. Babi yang terinfeksi virus PRRS menunjukkan tanda-tanda penyakit sistemik, termasuk demam dan nafsu makan berkurang. Dapat juga terjadi peningkatan pernafasan tanpa disertai batuk. Akibatnya, penurunan kesehatan dan peningkatan kematian umum terjadi.
Virus Flu Babi (SIV)
SIV ditandai dengan onset yang cepat, dan babi biasanya menunjukkan gejala dalam 12-48 jam pertama setelah terinfeksi. Tanda yang terlihat dari babi yang terinfeksi SIV adalah batuk keras yang terdengar seperti gonggongan, diikuti dengan gejala seperti flu. Babi kehilangan nafsu makan, tampak lesu, meringkuk dan menumpuk satu sama lain. Selain itu hewan mengalami demam tinggi (40,5°C hingga 41,6 °C) dan tampak bernafas menggunakan pernapasan perut yang berat dan mulut terbuka.
Streptococcus suis
S. suis umumnya terbawa dalam tonsil dan rongga hidung babi dan sering menjadi penyebab pneumonia. Bakteri ini bersifat ubiquitous pada babi dan bertahan dalam debu dan kotoran di lingkungan normal mereka. Bersama dengan gejala pernapasan pneumonia, bakteri ini dapat meningkatkan morbiditas dan mortalitas, serta menyebabkan terganggunya kenaikan berat badan. Munculnya gejala infeksi dipengaruhi oleh status imun inang, faktor lingkungan dan faktor virulensi bakteri.
Haemophilus parasuis
H. parasuis adalah bakteri yang umum terdapat pada saluran pernapasan bagian atas babi dan menyebabkan kondisi sistemik yang parah (penyakit Glässer) yang ditandai dengan fibrinous poliserositis (radang selaput pada rongga tubuh), radang sendi dan meningitis. Tanda-tanda klinis pada kelompok naif (belum pernah terinfeksi) diantaranya demam dan kelesuan yang diikuti oleh berkurangnya nafsu makan dan anoreksia. Sulit bernapas, bersuara menunjukkan rasa sakit, pembengkakan sendi, pincang, gemetar, kurang koordinasi, sianosis, berbaring dan kematian mendadak dapat terjadi.
Infeksi kronis pada anak babi dapat menyebabkan performa yang buruk. Gejala klinis utama ditandani dengan adanya batuk (kadang-kadang hanya dua atau tiga kali), sulit bernapas, penurunan berat badan, kepincangan dan rambut yang kasar.
